De structuur van de organisatie waarborgt een goed contact tussen leden, afdelingsbesturen, productgroepen, kringbesturen en het hoofdbestuur. Ieder lid kan daarin, zoals bij kring- en afdelingsvergaderingen, zo actief zijn en zoveel inbreng hebben als hij of zij zelf wil. Fruittelers hebben ook stemrecht binnen de organisatie.

De NFO is democratisch opgebouwd. Per fruitgebied vormen de leden een afdeling (twintig in totaal) met een door de leden gekozen bestuur. Deze besturen hebben een belangrijke rol bij het functioneren van de NFO. Zo organiseren zij zelfstandig studiebijeenkomsten, snoeidemonstraties, voorlichtingsbijeenkomsten, open dagen en excursies voor hun afdeling. Een aantal afdelingen vormen gezamenlijk weer kringen (vijf in totaal) die de fruitteeltbelangen op regionaal niveau behartigen. Geldt niet voor kring Noord-Nederland, die heeft geen afdelingen.
Iedere afdeling is vertegenwoordigd in het bestuur van een kring. Van iedere kring zit een vertegenwoordiger in het hoofdbestuur.

Voor speciale onderwerpen en vakgebieden kent de NFO de Productgroep houtig Kleinfruit en Steenfruit en voor hardfruit de Productgroep Appel en Productgroep Peer .